Después de la guerra, Colombia quedo totalmente devastada en todos los aspectos y la crisis económica de la guerra se agravó con la separación de Panamá el 3 de noviembre de 1903.

José Domingo De Obaldía sería nombrado gobernador del Istmo, éste cargo ya lo había desempeñado con anterioridad; pero él se sentía inclinado hacia la idea de la separación. José Agustín Arango, político istmeño, empezó a trabajar en secreto en la preparación del movimiento separatista. Una junta revolucionaria clandestina se formó en torno suyo para planificar una revolución destinada a consolidar la separación del Istmo de la soberanía colombiana, para negociar directamente con Estados Unidos la construcción del canal. La red conspirativa estaba conformada aparte del propio Arango, por Manuel Amador Guerrero, médico; Nicanor de Obarrio, militar y general del éjercito colombiano y por otros como Ricardo Arias, Federico Boyd, Carlos Constantino Arosemena, Tomás Arias y Manuel Espinosa Batista. Pero la parte operativa, la de mayor riesgo, le tocó a Amador Guerrero, quien viajó a Estados Unidos en busca de apoyo para el plan. También obtuvo en Panamá el apoyo de importantes jefes liberales y el apoyo del comandante militar Esteban Huertas.

Con todos estos apoyos, se concertó la puesta en marcha del plan separatista para un día no definido del mes de noviembre de 1903. Sin embargo, un rumor generado en Colombia estuvo a puntar de dar al traste con el plan. Informes recibidos daban cuenta de una supuesta invasión nicaragüense al Istmo por la región de Calovébora, sobre la costa norte panameña. Este informe, y los rumores insistentes sobre algo que se tramaba en Panamá, hicieron que Colombia movilizara al Batallón Tiradores desde Barranquilla. El comandante de ese batallón traía secretamente instrucciones para reemplazar a José Domingo De Obaldía y al general Esteban Huertas, en quienes ya no se confiaba en Bogotá.

El Batallón Tiradores, al mando del general Juan B. Tovar y Ramón G. Amaya, llegó a la ciudad de Colón en la mañana del 3 de noviembre de 1903. No tuvo problemas para desembarcar, pero su transporte hacia la ciudad de Panamá sufrió muchos contratiempos por la complicidad de las autoridades del Ferrocarril Transístmico con los conjurados, entre ellas el superintendente norteamericano J.R. Shaler. Después de muchas excusas, el Estado Mayor pudo desplazarse hacia la capital. En Colón quedó la tropa bajo el mando del coronel Eliseo Torres. Una vez llegados a ciudad de Panamá, Tovar y sus otros oficiales fueron arrestados por instrucciones del general Esteban Huertas, quien estaba al mando del Batallón Colombia, cuya jefatura pretendía reemplazar al recién llegado general.

Al enterarse de la inminente acción revolucionaria, el comandante John Hubbard del buque norteamericano "Nashville", entonces en las aguas del puerto y quien había retrasado previamente el desembarco de las tropas colombianas en Colón, procedió a impedir su transporte y cualquier desembarco posterior, argumentando que debía respetarse la "neutralidad" del ferrocarríl, un argumento que las autoridades norteamericanas habían empleado en anteriores ocasiones en sentido contrario.

Apresado el contingente militar colombiano y congelada la movilización de las tropas en Colón, se apresuraron las acciones para declarar la separación del Istmo. La Junta Revolucionaria procedió entonces a declarar esa misma tarde, la independencia del Istmo. Algunos panameños asaltaron las armerías y tomaron las armas, pero no fue necesario usarlas. Por representar a la autoridad colombiana fue puesto bajo custodia el gobernador José Domingo de Obaldía.

Una escuadrilla naval anclada en la bahía de Panamá fue obligada a rendirse sin oponer resistencia. El Consejo Municipal se reunió bajo la Presidencia de Demetrio H. Brid, autoridad máxima en el territorio panameño, y proclamó en un acta de voluntad del pueblo de ser libre y de establecer un Gobierno propio, independiente, y soberano bajo el nombre de República de Panamá. Demetrio H. Brid se convirtió en el Primer Presidente de la recién formada República de Panamá, nombrando el 4 de noviembre de 1903 a la Junta de Gobierno Provisional que se encargaría de la administración del Estado hasta que la Convención Nacional Constituyente en febrero de 1904 designara a Manuel Amador Guerrero como el primer Presidente Constitucional de la República.

El 13 de noviembre Estados Unidos reconoce formalmente a la República de Panamá, Francia lo haría al día siguiente y antes de finalizar noviembre, otros quince países de América, Europa y Asia lo harían también. Para el 18 de noviembre de ese mismo año, el secretario de Estado norteamericano, John Hay, firma en unión de Phillipe Bunau-Varilla un tratado para la construcción del Canal de Panamá, aunque fue muy controvertido por la rapidez con que fue aprobado.

La noticia de la separación de Panamá no fue conocida hasta el 6 de noviembre gracias a el embajador de Colombia en Ecuador, quien hizo llegar la noticia al gobierno colombiano. Entonces se envía a Panamá una misión diplomática para averiguar si los panameños estarían dispuestos a echar marcha atrás, se ofreció reconsiderar el tratado Herrán-Hay, rechazado por el Senado colombiano, e inclusive hasta se prometía hacer de Panamá la capital de Colombia pero siempre se obtuvo una negativa de la ya República de Panamá.